Die Kamera-Kapsel wird – ähnlich einer Tablette – mit etwas Wasser geschluckt. Danach kann der Patient während der »Untersuchung» seinem (Arbeits-)Alltag wie üblich nachgehen. Voraussetzung ist jedoch ein sehr sauberer, optimal abgeführter Darm – wie bei einer Koloskopie-Vorbereitung. 

Die Kapsel verläuft anschließend den natürlichen Weg des Verdauungstrakts und wird zum Schluss ganz normal ausgeschieden und vom Patienten mittels Magnetstab gesichert. Der gesamte Vorgang dauert normalerweise sechs bis acht Stunden, wobei bereits nach vier Stunden wieder klare Flüssigkeiten und kleinere Mahlzeiten eingenommen werden dürfen. Die Kapsel schießt während dieser Zeit etwa zwischen 40.000 und 50.000 Fotos der Darmwand. Nachdem der Arzt die gereinigte Kapsel vom Patienten wiederbekommen hat, kann er die Bilder via Computer auswerten. Die Fotos werden dabei wie ein Video abgespielt.

Mediziner nutzen die Kapsel beispielsweise bei einer Magen-Darm-Blutung, deren Blutungsquelle zuvor weder mit der Magen- noch mit der Darmspiegelung gefunden werden konnte. Folglich vermutet man die Blutungsquelle im Bereich des Dünndarms, wo die Kapsel sie aufspüren soll. 

Einsatzgebiete sind: 

• Tumorverdacht oder Ausschluss im Dünndarm
• Eisenmangelanämien

Der wohl größte Vorteil der Kapselendoskopie: Die Untersuchung verläuft in aller Regel einfach, schmerzfrei und »nebenbei«. Der Patient kann seinen alltäglichen Aktivitäten gewohnheitsgemäß nachgehen und muss sich nur sehr wenig bis gar nicht einschränken. Für die Untersuchung ist weder ein Kontrast- noch ein Beruhigungsmittel nötig. Es gibt auch keine Strahlenbelastung wie etwa beim Röntgen.

Nicht vorgenommen werden darf die Kapselendoskopie u. a. bei: 

• Vermuteten oder bekannten Verengungen im Verdauungstrakt
• Verwachsungen
• Schwangerschaften
• Magenentleerungsstörungen
• Ausgeprägter Darmträgheit
• Schluckstörungen

Ein gewisses Risiko besteht bei nicht bekannten Engstellen im Darm. Dann kann die Kapsel stecken bleiben und weitere endoskopische Eingriffe oder eine Operation nötig werden. Das passiert in weniger als einem Prozent der Untersuchungen. Ansonsten sind bei der Kapselendoskopie seit ihrer flächendeckenden Einführung im Jahr 2001 keine nennenswerten Nebenwirkungen berichtet worden.